Esta Hermandad se crea en 1939, en plena posguerra cuando algunas de las seis hermandades históricas estaban extinguidas y después de un periodo de 50 años en donde no se crearon hermandades nuevas. Por tanto es la más antigua del pasado siglo XX.

1939. Se funda por el recordado Padre Franco, con un grupo de jóvenes estudiantes, en un intento de introducir a la juventud en las corporaciones cofrades, que por aquel entonces eran reservadas para adultos de reconocido prestigio social. En sus primitivas reglas había límite de edad para pertenecer a la Junta, por lo que los hermanos que terminaban su mandato por razón de la edad, pasaban a la consolidada Hermandad de la Vera-Cruz, la otra Hermandad de la Parroquia. Por tanto, nuestra Hermandad sirvió de cantera para la querida Hermandad vecina.

Se origina nuestra Hermandad, en un principio, en torno a una pequeña imagen, que se veneraba en la Iglesia del Cristo, bajo la advocación de Jesús de los Afligidos, y que procedía de la extinguida capilla del Señor de la Humildad, en el Zaporito*.

* Dato facilitado por Fernando Mósig Pérez

En 1942 hace su primera salida penitencial con el Nazareno de las Lágrimas, de la parroquia de la Pastora, estrenándose así el Lunes Santo de nuestra Semana Santa Isleña. 

Siempre ha estado presente en el Lunes Santo. Excepto en los casos de inclemencias del tiempo,  como en 1954 que trasladó su Salida al Miércoles Santo, y en 1976 y 2003 que suspende la Salida Penitencial.

En 1977 pasa a la nueva Parroquia del Santo Cristo. En 1978 obtiene el título de Sacramental. Al año siguiente se empieza a editar el boletín Siembra. En 2002, se completa el misterio  con la imagen de San Juan Evangelista, obra de  D. Jesús Méndez Lastrucci. En 2003 obtiene Carta de Hermandad con la Orden de Predicadores, frailes Dominicos de la provincia de Andalucía.

Preocupados siempre por el patrimonio artístico, se comienza la renovación de los enseres, haciéndose ya de orfebrería repujadas en los talleres sevillanos. Se empieza con el estreno de la corona de la Virgen en 1954 y dos años mas tarde se estrenaba el puñal de plata, dos bocinas, dos faroles de guía y vara de Hermano Mayor. En 1960 se estrena el primer paso dorado de la Hermandad, salido de los talleres de Pérez Calvo. Y en 1962 se estrenaba la Cruz de Guía, el Senatus, el Libro de Reglas, las varas de Fiscal, constituyendo el inicio del resurgimiento de la Hermandad. 

En 1993 estrena el actual paso neobarroco y dorado obra de D. Antonio Martín (talla), D. Manuel Carmona (imaginerías) y D. Francisco Bailac (ebanistería). Se terminó en el año de 2002.

En los primeros años de los 90 la Hermandad se plantea definir su personalidad como hermandad de corte clásico, también llamada hermandad de cola, por lo que se adoptan varios cambios que en un principio no fueron entendidos por algunos sectores. En 1992 se cambia la capa por la cola, en la Junta y hermanos de insignias, igualándose todos los hermanos sin distinción, con túnicas de cola blanca y antifaz grana. En 2003 se efectúa el segundo retoque de la túnica, sustituyendo los fajines de tela grana por los de esparto en su color, siguiendo así los cánones estéticos de la túnica de cola clásica.

A lo largo de su historia esta Hermandad ha mostrado una especial sensibilidad por la cultura. Organizó concursos de saetas, exaltación de la mantilla, becas de estudios a hijos de cargadores... Se crea la Cátedra José María Franco Delgado, desde la que se hacen numerosos actos culturales, destacando el Certamen Literario Nacional, desde 1975, y el Ciclo de Conferencias organizado en torno a la festividad de Santo Tomás de Aquino, desde 1993.

En 2004 se le reconoce como Titular de la Hermandad, a Santo Tomás de Aquino, patrón de los estudiantes.

Aprobación de las Reglas. Se establece en la Capilla de la Veracruz. Bendición de la Virgen y Santa Mujeres

Comienzo de la renovación de los enseres. Traslada al Miércoles Santo la Salida, por la climatología

Estreno del actual paso dorado.Se crea el Ciclo de Conferencias Santo Tomás de Aquino

Carta de Hermandad con la Orden de Predicadores

Suspende la Salida Penitencial, por la climatología

Celebración del 25 aniversario como Hdad. Sacramental

Estreno de los fajines de esparto